Başlıca anormallik ilerleyen fonksiyon kaybı ile sonuçlanan, özofagusun düz kaslarının atrofi ve fibrozisidir. Değişiklikler özofagusun düz kaslarının atrofi ve fibrozisidir etkiler ve en çok dikkati çektiği kısım gastroözofageal sifinkterdir. Motilite bozuklukları, sine-radyografi ve manometride tanınabilir fakat nisbeten nonspesifiktir. Ençok dikkati çeken anormallik mide muhteviyatının serbestçe reflux’üne müsaade eden açık bir gastroözofageal sifinkterdir. Primer peristaltik dalgalanmalarda sifinktere yaklaştıkça yavaş olarak zayıflama meydana gelir. Zamanla peristalsisde daha fazla zayıflama olur ve ciddi özofajitis bir striktür husule getirir, özofageal kısalma, bir hiatal herni husule getirerek sifinkteri diafragma hiatüsü yukarısına çekebilir. Hastanın öyküsünde şüpheli olmasada katı gıdaların mideden boşalmaları gecikmiş ise bu mutad olarak reflux’un önemli sebebi olduğundan, ölçülmelidir. Hastaların takriben %40’ında bağırsak rahatsızlığının beraber olması transitde gecikme ve malabsorpsiyon ile psödoobstrüksiyon şeklinde durum meydana getirir. Benzer özofageal değişiklikler keza rheumatoid arthritisde, Sjögren’s sendromu Raynaud hastalığı ve sistemik lupus erythematosisde de meydana gelir. Benzer motor anormallikler ara sıra alkolizm, diabetes mellitus, myxedema, multipl sklerozis, ve amiloidozisde görülür.

Hasta yatağının başının yükseltilmesi ve antiasitler reflux özofajitisin önlenmesinde faydalıdır. Sklerodermada özofageal fonksiyon bozulmasını geciktirecek hiçbir şey bulunmamıştır, fakat diğer hastalıklarda, daha önce mevcut olan bozukluklar için özel tedavi sıklıkla faydalıdır. Striktürler sıklıkla tekrarlayan dilatasyonlarla yönetilebilir. Bir Roux-en-Y gastrojejunostomi gecikmiş mide boşalmasını düzeltmede, en iyi yoldur. Şayet bağırsak ‘fonksiyonu beslenmeyi muhafaza etmede yeterli ise, özofageal reflux hastaların ekseriyetinde striktür olduğunda bile başarılı olan, Collis-Nissen ameliyatı ile tedavi edilebilir.