CT scanningin dezavantajları, özellikle ultrasonografı ile karşılaştmlınca şunlardır

2. Radyasyori alanları, her ne kadar diğer gastrointestinal muayenelerin müsaade edilebilir hududları içindeyse de gene de hissedilebilir (yani yaklaşık 0,5-1,5 rad).

3. Abdomende ayrıntıların CT scan ile iyi tarifi, yağ bulunmasına ihtiyaç gösterir. Kaşektik bireylerde görünüm ve ayrıntılar zayıftır.

4. Hareket artefaktları bilgiyi bozar. En kısa vücut tarama zamanı hemen yaklaşık 2 sn. den az olan CT scannerleri solunum hareketiyle oluşan artefaktları bildirirler.

Yelpaze ışınlı ve linear hareketli makineler yaygın radyoopak yapılardaki artefaktları gösterebilirler.