Vakaların bir çoğunda cerrahi tedavi etkili bir yöntemdir. Anafilaksi veya periton boşluğuna implantasyon tehlikesi nedeni ile ameliyat sırasında kistin delinmemesine büyük bir özen ve dikkat gösterilmelidir. Ayrıca bir miktar kist sıvısı aspire edilip yerine %10-20 lik sodyum klorür veya %0.5 lik sodyum hipoklorid solüsyonları gibi skoleksleri öldürücü etkisi olan ajanlar verilir. Geçmişte çok kullanılan formalin ve fenol, özellikle safra yolları ile iştirakli kistlerde, safra yollarına büyük zararlar verebildiğinden bugün artık terkedilmiştir.

Kist infekte olmamışsa, germinativ membran bir bütün olarak çıkarılabilir, geride kalan boşluk serum fizyolojik ile doldurulduktan sonra, kistin açılan ağzı katgüt dikişlerle kapatılır. Özellikle büyük ve multipl kistlerde nadiren de olsa hepatik lobektomi yapılması gerekebilir. Eğer hastanın ameliyat öncesinde sarılığı varsa veya ERCP de safra yollarında kist hidatiğe ait yapısal kalıntılar gösterilirse, mutlaka koledok eksplorasyonu yapmak gerekir.

Ameliyat öncesi Mebendazole veya Albendazole özellikle nüksleri önlemek için profilaktik olarak, yaygın hidatik hastalığı bulunanlarda tedavi amacı ile, ameliyatı takiben nüks eden vakalarda ve nihayet ameliyeta mani hali bulunan çok yaşlı hastalarda kullanılabilir. Bu ilaçlar dikkatli bir şekilde kullanılmalı ayrıca hastalar kemik iliği depresyonu ve diğer toksik işaretler yönünden yakından takip edilmelidir.