Uzun süreli supresyon tedavisinde kullanılacak antibiyotikler plasmid aracılığı ile direnç gelişmesi zor olan antibiyotikler arasından seçilmelidir. Bu tür tedavi genellikle yukarıda komplike üriner sistem infeksiyonu tedavisi kısmında belirtilen komplike vakalarda, vakayı komplike hale getiren olay giderilene kadar ya da giderilemiyor ise 6 ay ya da iki yıl süre ile kullanılabilir. Bu uzun sürelerde kullanılan antibiyotiklerin önemli yan etkileri meydana gelebilir. Hasta bu yönden yakın takip edilmelidir.

Uzun süreli supresyon tedavisi ile basan kadın hastalarda %70-80 oranındadır. Ancak bu oran erkek hastalar için % 33 civarındadır. Bu nedenle uzun süreli supresyon tedavisi erkek hastalarda uygulanmamalıdır.

Sık tekrarlayan üriner sistem infeksiyonu olan hastalarda uygulanacak tedavi yöntemlerinden biri de daha infeksiyon meydana gelmeden başlanması gereken uzun süreli proflaktik antibiyotik tedavisidir. Bu tedavi yöntemi üriner sistem infeksiyonlarından korunma yöntemleri kısmında diğer kemoproflaksi yöntemleri ile birlikte incelenmiştir