Doğal kapak endokarditinde duyarlı streptokoklar dışında bir ajanın bulunması, uygun tıbbi tedaviden sonra relaps olması, infeksiyonun intrakardiyak yayılımı, iki veya daha fazla sistemik emboli, şiddetli aort yetmezliği varlığında erken mitral valv kapanması tespiti ve çok tartışmalı olarak ekokardiyografide vejetasyon tespiti relatif kalp cerrahisi endikasyonu olarak kabul edilmektedir.

Prostetik kapak endokarditlerinde ise erken prostetik kapak endokarditi, duyarlı streptokok dışı ajanlarla gelişen geç kapak endokarditi, periprostetik kaçak olması, iki veya daha fazla emboli, relaps ve infeksiyonun intrakardiyak yayılma belirtisi relatif cerrahi endikasyon kabul edilmektedir.