Septal defekt, büyük arterlerin transpozis yonu, hipoplastik sol kalp sendronıu gibi kardiak anomaliler, meningosel gibi spinal defektler, anensefali, kısa sol kolon gibi anomaliler diyabetli anne çocuklarında sıktır. Kongenital anomalilerin nedeni iyi bilinmemekle birlikte, fetusta organogenez sürecinin bozulmasına yol açan nedenin annenin erken gebelikteki hiper glisemisi olduğu kabul edilmektedir. Kongenital anomaliler kontrolsüz diyabetli kadınların çocuklarında daha sıktır. Kongenital anomaliler ile gebeliğin ilk trimesterinde anne hbalc düzeyleri arasında ilişki saptanmıştır. Hayvan deneylerinde de erken gebelikte normoglisemik tutulan hayvanlarda kongenital anomali oluşumunun çok azaldığı gösterilmiştir.