Enterik infeksiyonlardan korunmada hayvan rezervuarların tedavi edilmesi, bunlardan elde edilen besin maddelerinin kontaminasyonunu azaltırsa da infekte yumurtaların veya kümes hayvanlarının yeleri kadar pişirilmeden yenmesi ile de bulaşma görülebilir. İnsandan insana bulaşmanın önlenmesinde kişisel hijyene dikkat edilmesinin yanında suların kontamine olmasının Önlenmesi, lağım sularının uygun şekilde yok edilmesi ya da de-zenfeksiyonu, taşıyıcıların teşhis edilerek uygun tedavi ve takiplerinin yapılması ve aktif hastaların izolasyonu gerekir.

Besin zehirlenmeleri genellikle, besin maddelerinin uygun ortamlarda saklanmamalarına bağlıdır. Bu nedenle besinlerin soğuk ortamda (buzdolabı) saklanması ve yenmeden önce yeteri kadar ısıtılması gerekir. 10 dakika süre ile besin maddelerinin kaynatılması (50-55 derecede) parazitleri ve bakteriyel patojenlerin çoğunu öldürür. Isıya dayanıksız enterotoksinler ile oluşan besin zehirlenmeleri besinlerin yeteri kadar ısıtılması ile önlenebilirse de, stafilokoksik besin zehirlenmelerinde olduğu gibi ısıya dayanıklı enterotoksinlerin neden olduğu besin zehirlenmelerinde ısıtma korumayı sağlamaz. Özellikle çiğ süt tüketiminden kaçınmak salmonelîa ve C.jejuni infeksiyonlarmı önlemede önemlidir.

Tifodan korunmada, endemik bölgeye seyahat edenlere ve ev içi taşıyıcılarla teması olanlara tifo aşısı yapılması önerilir. Tifodan korunmak için oral yolla kullanılan canlı tifo aşısı geliştirilmişse de henüz deneme aşamasındadır.

Kolerada en etkili korunma yöntemi kişisel hijyen ile su ve besin maddelerinin kontaminasyonunun önlenmesidir. Aşı ile immünizasyonun koruyuculuğu %50 olup, hastalığın yayılmasını önlemez, yalnızca klinik vakaların görülmesini azaltır. Kolera için de canlı bakteri aşısı hazırlanması için çalışmalar yapılmaktadır.

Son zamanlarda Finlandiya’da bovin rotavirus’dan geliştirilen canlı attenüe virüs aşısı (RIT 4237) nın rotavirus infeksiyonlanndan korunmada oldukça etkili olduğu bildirilmektedir. Colostrum ve anne sütünde bulunan IgA antirotavirus antikorların ro-tavirüs infeksiyonlanndan koruyucu etkisi olduğundan anne sütü ile beslenmeye Önem verilmesi özellikle infantlarda önemli morbidite nedeni olan rotavirus infeksiyonlanndan korunmada etkilidir.