Bazı bağırsak fistülleri teknik olarak hatalı veya nekrotik dikiş hatlarından kaynaklanır. Bazıları ise bir absenin yakınındaki bağırsağı ve deriyi penetre etmesi ile ortaya çıkar ve çok defa bu abseyi drene etmek zorunda kalan cerrah da buna yardımcı olur.