En küçük kanallar olan safra kanalikülleri ilk olarak, ileride tüm karaciğere yayılacak olan primitif hepatositler arasında bazal bir ağ olarak görülür . Çok sayıda mikrovülus kanaliküler yüzeyin alanını artırır. Buradan salgılanan safra, interlobüler duktulilere (Hering kanalları) ve lober kanallara, sonra da hilustaki hepatik kanala geçer. Çoğu vakalarda D.Hepatikus Comminus münferit sağ ve sol kanalların birleşmesiyle oluşur fakat bireylerin %25’inde sağ kanalın önce arka bölümleri sol kanalla ayrı ayrı birleşirler. Hepaticus Comminus’un başlangıç yeri karaciğere yakındır fakat daima dışındadır. D.Hepaticus Comminus koledok kanalını oluşturmak üzere D.Cysticus’la birleşmeden önce yaklaşık 4 cm. ilerler. Koledok kanalı hepatoduodenal ligamentin içinde başlayıp duodenumun I. kısmının arkasından geçer ve duodenuma açılmadan önce pankreasın arka yüzündeki bir olukta seyreder. Son 1 cm.si duodenum duvarına yapışıktır. Koledok kanalının total uzunluğu 9 cm. (3.5 ine) civarındadır.

Bireylerin %80-90’ında D.Pancreaticus yaklaşık 1 cm. uzunluğunda ortak bir kanal oluşturacak şekilde koledok kanalıyla birleşir. Kanalın intraduodenal segmentine burada herhangi bir lümen genişlemesi olmadığından yanlış adlandırma sonucu olsa gerek-hepato-pankreatik ampulla yada Ampulla Vateri denir.

Safra kesesi karaciğerin alt yüzünde sağ ve sol lobları ayıran oluğa yapışmış vaziyette bulunan armut şeklinde bir organdır. Fundus karaciğer kenarını 1-2 cm. aşar ve D.Cysticus yada koledok kanalı tıkandığında sıklıkla palpe edilebilir. Safra kesesi nadir olarak tamamen peritonla örtülüdür fakat bu varyasyonun mevcudiyetinde, torsiyon yoluyla infarktüs gelişimi için predispozisyon ‘söz konusudur. Safra kesesi tam dolduğunda 50 ml safra alır. Kesenin boyun kısmı gittikçe incelerek koledok kanalıyla birleşen D.Cysticus’a dönüşür. D.Cysticus’un tümeninde ince bir mukoza septumu vardır. Heister’in spiral valvi denen bu oluşum safra akımına karşı hafif bir direne oluşturur. İnsanların %75 inde D.Cysticus bir açı yaparak koledok kanalına girer, geri kalanlarda hepatik kanala parelel seyreder yada birleşmeden önce koledok kanalı etrafında döner.

Hepatoduodenal ligament içinde A.Hepatica Koledok kanalının solunda, V.Porta arka ve iç tarafında seyrederler. Sağ hepatik arter genellikle hepatik kanalın arkasından geçip karaciğerin sağ lobuna girmeden önce A.Cystica’yı verir fakat varyasyonlar sıktır.şekilde olmak üzere farklılıklar gösterir. Safrakesesi mukozası organ kollabe olduğunda belirgin kıvrımlar oluşturur, gerilme esnasında bu kıvrımlar düzelir. Kese mukozasının lümene bakan yüzü mikrovilluslarla kaplıdır. Su ve elektrolit absorbsiyonunda önemli rolleri olan geniş kanallar mukoza hücrelerini birbirinden ayranlar.

Kanalların duvarları az miktarda düz kas içerir fakat koledok kanalının sonlandığı yer kompleks bir sfinkter adelesiyle kaplanmıştır. Safra kesesi müskülatürü longitidünal ve spiral liflerin oluşturduğu birbirini çaprazlayan demetlerden müteşekkildir.

Safra kanalları parasempatik ve sempatik sinirler alır. İlki safra kesesine motor, kanal epiteline sekretuar lifler getirir. Sempatik sinirler içindeki afferent lifler safra koligi ağrısını taşırlar.