Predispozan faktörler siroz, safra stazı (örneğin striktürlü yada bariz bir şekilde genişlemiş koledok kanalı), ve kronik hemolizdir. Pigment taşı olan bazı hastaların safralarında ankonjuge bilirübin konsentrasyonlan artmış bulunur. Doğuda, duktal sistem Clonorchis sinensis yada Ascaris lumbricoides’le enfeste olduğunda sistemi sekonder olarak istila eden Escherichia coli’nin ürettiği glukuronidaz aktivitesi sonucunda olabilir.Sekonder bir istilacı olması dışında, Batı kültürlerinde, insanların safra kanallarında E.coli bulunmaz ve olayın patogenezi çoğunlukla bilinmez.

Taş oluşumu, üzerine kalsiyumun çöktüğü sülfatlı glikoprotienlerin yapımının artması sonucu olabilir, bu daha sonra makroskopik taşların oluşumuna yolaçar.