İnokülasyon yerinde primer lezyon meydana gelir. 2-6 haftada kendiliğinden iyileşir. Lezyonun patolojik incelemesinde plazma hücreleri ve histiyositlerden oluşan perivasküler hücre infiltrasyonu ve kapiller proliferasyon görülür. Aynı alanda etken ajanı da görmek mümkündür.

İkincil sifilizin generalize, parankimal ve mukokütanöz bulguları primer lezyonun iyileşmesinden 6 hafta sonra görülmeye başlar. Makülopapüler deri lezyonlarının kesitinde, epidermiste hiperkeratoz, kapiller proliferasyon, polimorfonükleer lökosit ve plazma hücresi infiltrasyonu görülür. Bu dönemde T. pallidum göz arka kamara sıvısı, beyin omurilik sıvısı gibi pek çok yerde görülebilir. Beyin omurilik sıvısı anormallikleri % 40-50 vakada mevcuttur. İnmun kompleks glomerulonefıiti ve generalize lenfadenopati meydana gelir. Lenf bezi kesitlerinde belirgin folliküler hiperplazi, parakortikal alanlarda histiyosit infiltrasyonu, lenfosit depresyon ve bol miktarda treponema görülür. Makülopapüler deri lezyonları 2-6 haftada geriler.

Bu lezyonlann gerilemesi ile hasta, sadece serolojik testlerle tam konulabilen latent sifiliz dönemine girer. Bu dönem ilk iki yılda erken latent dönem ve daha sonraki yıllar geç latent dönem olmak üzere 2 kısımdır. % 90 vaka ilk yıl içerisinde olmak üzere hastaların % 25’lnde bu dönemde bir ya da birkaç kez olmak üzere ikincil sifiliz lokalize veya generalize mukokütanöz relapsları meydana gelir.

Latent dönemde tedavi edilemeyen hastaların üçte birinde sifilizin son dönemi olan tersiyer sifiliz dönemi meydana gelir. Bu hastalığın en sık rastlanan tipi gomlarla seyreden gommatöz tipidir. Bunlar benign granülomatöz lezyonlardır. Bu dönemde oluşan bir diğer patoloji vasa vasorumlarda meydana gelen obliteraüf endarteritistlr. En sık aorta ve santral sinir sistemi vasa vasorumları tutar. Tersiyer sifiliz gelişmesine neden olan faktörler hakkında kesin bir bilgi yoktur. Travmanın gommatöz lezyonların gelişmesine neden olduğuna dair çalışmalar mevcuttur.