Bazı soliter kistler, ultrasaund kontrolunda yapılan perkütan iğne aspirasyonuyla kesin olarak tedavi edilirler. İçinde berrak sıvı bulunan kistler kistin kubbesinin eksizyonuyla cerrahi olarak tedavi edilirler, böylece kist periton boşluğuna drene olur. Fakat safra içeren veya safra yollarıyla ilişkisi olan kistler Roux-en—Y şeklinde jejunum anostomuzuyla drene edilmelidir. Soliter kistlerin iç duvan çoğunlukla seröz bir tabakayla çevrilmiştir. Küboid epitelle çevrili soliter kistler malign olabilir ve bazı cerrahlar bu kistlerde drenaj yerine lobektomi önermektedirler. Nadir görülen kis-todenoma veya kistadenokanser vakalarına, kistin görünümünden şüphelenilerek frozen section yapılarak tanı konur; bu kistler tamamen rezeke edilmelidir.

Multipl kistler genellikle tedavi gerektirmezler, fakat rahatsızlık yapan büyük polikistik karaciğerler veya tıkanma sanlığına neden olan kistler, karaciğer yüzeyinde kist kubbelerinin kaldınlarak ve yüzeyel kistler ile derin kistler arasında pencereler açılarak etkin bir şekilde tedavi edilebilir. Açılan kistlerin periton boşluğuna drene olması sağlanır. Posto-peratif dönemde karaciğer eski büyüklüğünün yansına düşer.