Hastanın derisinde yaygın bir şekilde bulunan bakteriler çok zaman infeksiyona yol açarlar. Antiseptik sabunlarla ameliyat öncesi alınan duşlar immiz yaralarda infeksiyonu %50 oranında azaltmaktadır. Ameliyattan hemen veya birkaç saat önce traş edilmesi yara infeksiyonu şansını %50 arttırmakta olup yapılmamalıdır. Ancak intrakraniyal ameliyatların çoğu saçlı derinin traş edilmesini gerektirdiğinden bu işlemin ameliyattan hemen önce ameliyathanede yapılması zorunlu olmaktadır.

Ameliyat sahasını kapsıyan deri antiseptikler ile temizlenmelidir. Burun ve göz çevresinde irritan olmayan ajanlardan benzalkonium tuzları kullanılmalıdır. Perianal deri ise en iyi olarak clorhexidine veya povidon iodine ile temizlenir. Diğer deri bölümleri için %0.5 lik iodine solüsyonu kullanılmalı ancak damlamaya engel olunarak iodine solüsyonunun fazlası alınmalıdır.