Glikogen, alfa – 1,4 glikozid bağlantıları ile birleşmiş düz zincirli bir glükoz polimeridir. Dallanma total bağlanmanın % 10 undan azını oluşturan alfa -1,6 glikozid bağlantıları ile tamamlanır. Glikogenin molekül ağırlığı 5-6 milyondur. Dokuların glikogen içeriği çeşitli fizyolojik uyanlara göre değişir. Glikogen konsantrasyonu karaciğerde 5-7 g/100 g altında, kasda 2 g/100 g altındadır. Fetus karaciğerinde glikogen depolanması gebeliğin son trimesterinde başlar, doğumdan sonra ilk günlerde azalır, 2-3 haftalıkta erişkin değerlerine erişir.
Glükozun polimerize olarak glikogene dönüşmesi ve glikogen molekülünün glükoza ayrışması çok sayıda enzimin etkisinde oluşan biokimyasal reaksiyonlara da Glikojen forilaz (G-l- P üridil transferaz) enzimi etkisiyle üridin difosfoglükoz yapılır. Bundan sonra glikogen sentetaz etkisiyle glükoz molelkülleri üridin difosfattan ayrılır ve birbirleriyle 1,4 glikozid bağlantıları ile birleşerek glikogen molekülünün düz zincirini oluşturur.
Glikogen sentetaz enzimi aktif ve inaküf şekilde bulunur ve aktivasyonu için siklik AMP gerekir. însülin ve glükagon da aktifinaktif formların birbirine dönüşümünde etkilidir. Glikozil transferaz (brancher enzim) alfa -1,6 bağlantılarının oluşumu, böylece bir glükoz polimeri olan glikogenin yapımı için gereklidir
Glikogen yıkımı da çeşitli enzimleri gerektirir .Önce fosforilaz etkisiyle 1,4 bağları dört glikozil birimine parçalanır. Daha sonra 4 alfa-glikanotransferaz 1,6 bağlanma noktasına etki ederek glikogen molekülü üzerinde üç glikozil kalıntısının yerini değiştirir. Bunu izleyerek amilo -1,6-glükosidaz (debraneher enzim) 1,6 bağlı glikozil birimlerini çözer. Böylece fosforilaz etkisiyle glukoz-1 fosfat, debraneher enzimi etkisiyle de serbest glükoz oluşur. Normal açlık koşullarında debraneher enzimi etkisiyle glikogenin % 8 kadarı serbest glükoz olarak mobilize olur. Açlıkta, geriye kalan glükozun serbestleşmesi için hepatik glükoz -6-fosfataz aktivitesi gerekir.