Klostridyal selülitin cerrahi tedavisi mutlaka agresif olmalıdır. Ancak amputasyon gerekmez. Nekrotik deri ve deri altı dokusunun geniş eksizyonu yapılır. Tamamı ile açık drenaj esastır. Ayrıca kasların da olaya iştirak edip etmediği ortaya konmalıdır, çünkü miyozit ile selülit bir arada bulunabilir. Bu lezyonlar çok yaygın olduğundan anestezi altında günlük debridmanlar gerekebilir. Deri canlı ise, deri altı dokusunun debridmanını takiben tahmin edilemeyecek kadar deriyi kurtarmak mümkün olabilir.Klostridyal infeksiyonlar kolon ve rektum yaralanmalarını takiben ortaya çıkmışsa, proksimal kolostomi ile gaita diversiyonu yapılmalı ek olarak gluteal ve perineal bölgeler drene edilmelidir. Bazı hallerde, klostridyal infeksiyonların geliştiği dokular geniş olarak debride edilemez, örneğin medulla spinalis, beyin veya retroperitoneal dokular böyledir. Bu gibi vakalarda cerrahi drenaj yapılmakla birlikte daha çok antibiyotik ve hiperbarik oksijen tedavisine ümit bağlanmaktadır.