Bir bakımdan, diğer patojenlere karşı sindirim sisteminin koruyuculuğunu yapan bu flora bakterileri, antibiyotikler ve kemot erapötiklerle yok edildiğinde, bağırsaklardaki denge ve koruyuculuk durumu ortadan kalktığı için “antibiyotiğe bağımlı kolit” gibi patolojiler oluşabilir.
Sindirim sisteminin, bakteriel yönden diğer bir direnç unsuru da mide asiditesidir. Şigella türü mikroorganizmalar aside oldukça dirençli olduklarından çok az sayıda (1O2X2) oldukları zaman dahi infeksiyon yapabilirken, dirençli olmayan salmonella,
vibriyo kolera türü bakteriler ise ancak l06-l0n veya daha fazla bakteri ile infeksiyon oluşturabilirler. Mide asiditesinin nötralize edildiği durumlarda (çok yemek ve içmek, süt, bikarbonat vs.) bakterilerin veya preforme toksinlerin, midenin asid barajım aşmaları kolaylaşır.
Gaitanın mikrobiyolojik incelemelerini yaparken, akut bakteriel ishallerle, birçok kitapta ayn bir konu olarak işlenen bakteriel besin zehirlenmelerini birlikte gözden geçireceğiz. Zira birçok yönden bu İki klinik antite arasına kesin bir sınır koymak mümkün olmadığı gibi, her ikisinde de en belirgin ve müşterek semptomların, bulantı kusma ve kann ağrısı ishal olduğunu söyliyebiliriz (botülizm besin zehirlenmesi hariç). Ancak bu semptomlardan bazan biri, bazan diğeri predorninan olarak görüldüğü gibi, ishallerin makroskopik ve mikroskopik görüntüleri de birbirlerinden farklı olabilir.
Akut infeksiyöz ishaller, bakteri, virüs ve protozoerler tarafından oluşturulurlar. Biz burada sadece bakteriler ve protozoerler tarafından oluşturulan ishalleri incelemeye çalışacağız.
Bakteriler iki mekanizma ile ishal oluştururlar.
1. Enterotoksin salgılayarak
2. Bağırsak mukozasını tahrip edip iltihaplandırarak Birinci tür infeksiyonlarda, kan ve lökosit ihtiva etmeyen, proteinden fakir fakat bazan ileri derecede dehidratasyon belirtileri oluşturacak şekilde bol ve sulu ishaller meydana gelir (Kolera ve ETEC infeksiyonlannda olduğu gibi).
Enterotoksinler ya gıdalar üzerinde veya bağırsaklarda oluşturulur.
Bakterilerin, gıdalar üzerinde üreyerek aynı anda salgıladıkları enterotoksinler, tat ve koku bakımından besinlerde bir değişiklik yapmadıklarından, farkına varılmadan preforme toksin olarak alınırlar (S.aureus ve B.cereus’daki gibi). Diğer şekilde ise, ağız yolu ile alınan bakteriler, mide asiditesini aştıktan sonra bağırsaklarda tutunup çoğalmakta ve enterotoksinlerini burada sagıîamaktadırlar (V.kolera ve ETEC’de olduğu gibi).
Her iki şekilde de, oluşan toksinler bağırsak mukoza hücrelerindeki reseptörlere yapışır, adenilat veya guarülat siklaz’ı stimüle ederek, bağırsak boşluğuna bol miktarda sıvı ve elektrolit salgılanmasına neden olurlar. Oluşan sıvı miktarı, kolonun absorbsiyon kapasitesini çok aştığı için, ishal şeklinde, proteinden fakir, bol miktarda sıvı kaybı meydana gelir. Bu tür ishallerde, iltihap hücreleri ve kan bulunmadığı gibi bağırsakların histopatolo-jik incelemelerinde de herhangi bir patolojiye rastlanamaz.
İshal oluşumunda, yukarda özetlemeye çalıştığımız iki mekanizma haricinde, miks formlar ve bazı mikroorganizmaların bağırsak mukozasına adhere olarak normal absorbsiyon ve sekresyon fonksiyonlarını bozmak suretiyle ishale neden oldukları bilinmektedir. Bu vakalarda ne toksin ve ne de invaziv bir patoloji tespit edilmektedir. İshallerin oluşum mekanizmaları birbirlerinden farklı oldukları gibi, bir mikroorganizmanın da tek bir ishal türünün etkeni olarak belirlenmesi her zaman mümkün olamamaktadır. Zira bazan bir bakteri, invaziv karakteri yanında, S.dizanteride olduğu gibi enterotoksin de yapabilmektedir. Yapılan araştırmalar göstermektedir ki, mikroorganizmaların oluşturdukları toksinler birbirlerinden farklı olabildikleri gibi, bir mikroorganizma birbirinden farklı etkilere sahip değişik toksinler de oluşturabilmektedir.
Amip ve Balantidium coli gibi protozoerler üe, yaptıkları patoloji yönünden invaziv bakteriler gibi davranırlar. Giardia lamblia gibi flajelli protozoerler ile bilhassa AİDS’li hastalarda sıklıkla rastlanan criptosporidium, izospora gibi mikroorganizmalar ince bağırsak mukozasına adhere olurlar ve mukoza hücrelerinin normal sekresyon ve absorbsiyon fonkiyonlanru bozarak ishallere neden olurlar.
Materyal alma:
Akut gastroenteritlerde, kolitlerde ve besin zehirlenmelerinde mikrobiyolojik incelemeler için hastalardan alınan kusmuk, duodenum muhtevası ve yenilen şüpheli gıda artıkları gibi materyeller kullanılır. Ancak bu tür infeksiyonların teşhisinde, bizim için en önemli materyel gaitadır.
Gaita örneği, genellikle hasta tarafından, plastik veya parafinlenmiş karton kutuya yaptırılarak elde edilir. Oturak ve sürgülerden mikrobiyolojik inceleme için materyel alınmamalıdır. Ancak, deterjan, dezenfektan ve sabun gibi maddeleri ihtiva etmediğine ve steril olduğuna emin olduğumuz kaplardan materyel alınabilir. Kolerada olduğu gibi bol sıvı çıkaran hastalardan steril bir sonda kullanarak, sondanın bir ucu bir deney tüpüne, diğer ucu hastanın anusundan sokularak sifon şeklinde gaita örneği alınabilir. Bir eküvyonla, anal sfinkterin ötesine geçilerek ve eküvyonu çevirmek suretiyle materyel alınabilir. Aynı yöntem ile sigmoidoskopi ve proktoskopi esnasında da materyel alınabilir.
Alınan gaita örnekleri en seri bir şekilde mikrobiyolojik incelemeye tabi tutulmalıdır. Mikroskopik incelemede protozoerlerin hareketli oluşları ancak bir süre devam edeceği için, kültür yapmak üzere kullanılacak materyelde patojenlerin sayısı dış etkenlerle (pH, ısı vs) devamlı azalacağından, zaman faktörü çok önemlidir. Hemen kültür yapmak mümkün olamıyacaksa veya materyel uzak bir yere gönderilecekse, muhakkak transport besiyerine konulmalıdır. Bu bakımdan CaryBlair besiyeri ideal olup, 1 gr. gaita 10 gr besiyeri ile emülsifiye edilerek saklanır.
Gaitanın mikrobiyolojik incelenmesi üç kademede yapılır.
1. Makroskopik inceleme
2. Mikroskopik incelem•
3. Kültürler
1. Makroskopik inceleme; hem klinisyen ve hem de laboratuara tarafından yapılmalıdır. Gaitanın şeklinin, kıvamının, renginin, kan ve müküs olup olmadığının incelenmesi bazan etiyolojik ajan hakkında aydınlatıcı bilgiler verebilir. Bundan ayrı olarak gaitada, tenya proglottileri, askaris gibi parazitler de görülebilir.
2. Mikroskopik inceleme; hastadan gaita alınır alınmaz mikroskopik inceleme hemen yapılmalıdır. Bunun için, şekilli bir gaitada, bir kürdan veya öze ile değişik yerlere dokunarak alınan küçük parçacıklar bir lam üzerinde, bir damla şalinle ezilerek emülsifiye edilip üzerine bir lamel kapatılarak, sulu gaitalarda ve kanlı müküslü gaitalarda, öze ile alınan müküs partikülleri bir lam üzerine yayılıp, üzerine lamel kapatılarak incelemeye hazırvaziyete getirilir. Hazırlanan bu direkt preparatlarda parazit yumurtaları, hareketli flajelli ve kirpikli protozoer ve kirpikli protozoer ve kistlerini, amip ve kistlerini, mantar elemanlarını, eritrositler ve iltihap hücrelerini görebiliriz. Aynı preparatlar bir damla lugol solüsyonu damlatmak suretiyle boyalı olarak da incelenebilir. Gaita bir lam üzerine çok ince bir şekilde yayılarak metilen mavisi, gram, giemsa gibi boyalarla boyanarak hücre ve protozoerler yönünde de incelenebilir. Böyle boyalı preparatların bakteriel yönden incelenmesinin hiçbir yaran yoktur. Sadece, mikroskop alanında yaygın olarak gram pozitif kokların ve gram pozitif iri basillerin bulunması, klinikle uyuştuğu zaman Stafllokok veya C.difficil infeksiyonunu düşündürebilir.
3. Kültürler:
Bir klinik mikrobiyoloji laboratuarının, gaitada mevcut olabilecek tüm patojenleri rutin olarak araştırması mümkün değildir. Bakteriel ishallerin teşhisinde bir laboratuarın kültür yönünden rutin olarak yapabileceği işlem, ishal etkeni olması muhtemel bakteriler arasında sınırlı bir araştırma yapabilmekten ibarettir. Bu sınırlama, genellikle o bölgede hangi tür bağırsak infeksiyonlannın bulunduğuna ve laboratuarın kapasitesine bağlıdır. Bu nedenlerle, ülkemizde gaita kültürleri çoklukla salmonella ve şigella cinslerine yöneliktir.
Ülkemizde bu tür mikroorganizmaların izolasyonu için kullanılan besiyerleri zenginleştirici olarak tetrahionat’lı buyyon veya seîenit-F besiyerleri, ayırtıcı olarak EMB, endo ve MacConkey besiyerleri ve selektif olarak da deoxycholate citrat, salmonella şigella ve bizmut süîfit ağar besiyerleridir.
Yukarda belirttiğimiz besiyerleri haricinde, değişik firmalar tarafından enterik patojenlerin izolasyonu için dehidrate olarak hazırlanan hem ayırıcı ve hem de seçtirici daha birçok besiyeri vardır. Her laboratuar kendine uygun olan birkaç tanesini kullanabilir.
Zenginleştirici besiyerlerinin kullanılması: mercimek veya eşdeğer büyüklükteki gaita, tüpteki 10 mi besiyerine ekilerek 37 derecede inkübasyona terkedilir. Bu besiyerlerinden, inkübasyonun 8-12. saatleri arasında alınan materyel öze ile ayırıcı ve seçtirici besiyerlerine pasaj yapılır.
Ayırıcı besiyerlerine ekimlerde; öze ile alman bir miktar gaita veya müküs parçası azaltma yöntemi ile ekilir. Seçtirici besiyerlerinde de aynı yöntem uygulanmasına rağmen, burada alınan gaita veya müküs parçalarının daha fazla olması gerekir. Her iki tür besiyerinde de 18-24 saatlik inkübasyondan sonra laktoza etki göstermiyen koloniler seçilerek idantifikasyon işlemlerine başlanır. İdantifikasyon işlemleri genellikle her laboratuarın kendi kapasitesine göre sahip olduğu otomasyon, biyoşimik ve serolojik testlerle yapılır.
Kolera vakalarında, alkalen peptonlu su, zenginleştirici bir besiyeri olarak kullanılır. Bolca ekilen gaita 6-12 saatlik bir inkübasyondan sonra TCBS (thiosulfate citrate bile salts sucrose) besiyerine pasaj yapıldığı gibi, TCBS besiyerine gaita direkt olarak da ekilir. Şüpheli olan san, mat ve büyük kolonilerden blyoşimik ve serolojik olarak idantifikasyona gidilir.
Campylobacter için, değişik antibiyotikleri içeren Campy BA plakları kullanılmaktadır. Mikroaerofilik ortamda ve 42°C’de inkübe edilir. 24 – 48 saat sonra şüpheli kolonilerden yapılan preparatlarda karakteristik morfolojisi ile tanınır. Yersinia enterocolitica, soğukta da (4 – 5 °C) üreyen bir bakteri olduğu için, bir miktar gaita 0.033 M fosfat tamponlu şalinle karıştırılarak buz dolabında muhafaza edilir ve müteakip günlerde, buradan alınan birkaç damla materyel MacConkey veya SS ağara pasaj yapılır. Gaita bu fosfat tamponlu şalin içinde üç hafta kadar saklanabilir. Bugün aynı bakteri için daha fazla geliştirilmiş olan CİN ağar tavsiye edilmektedir. Ekilen materyel 25-35°C de inkübasyona terke-dilerek 24-48 saat sonra laktoza etki göstermiyen şüpheli koloniler incelemeye alınır.
Gaita kültürlerinde, S.aureus, B.cereus, C.perfringens gibi bakterilerin aranması gereksizdir. Bu tür bakteriler ancak salgınlar esnasında, hem yenilen gıdalardan ve hem de ishalli hastaların gaitalarından bol miktarda olmak üzere izole edildikleri zaman bir mana ifade ederler. Yine ishalli vakalardan yapılan kültürlerde predominant olarak üreyen bakteriler, aeromonas, pleisiornonas, edwardsiella vs. yönden araştırmaya tabi tutulabilir.
îshal nedeni olan E.coli’lere gelince, bunların toksigenik veya invaziv karakterde olup olmadıklarını meydana çıkarmak için bazı testler mevcuttur. Ancak bunların rutin bir laboratuarda yapılmalarının, hastayı takip ve tedavi yönünden hiçbir yaran yoktur. Bu testler, epidemiyolojik yönden sadece referans laboratuarlarında yapılırlar.