Net kullanım alanı hesaplanırken hasta-ba-kım alanı ile birlikte laboratuar ve cihaz odaları, ilaç hazırlama odası, hemşire istasyonu, süt bankası, solunum egzersiz odası, aile görüşme yeri gibi gerekli bölümler de dikkate alınmalıdır, Perinatal bir merkezde bu bölümlere hasta bakım alanı kadar bir yer ayrılması uygundur.
Perinatal merkez için en uygun bina şekli çift koridorlu dikdörtgendir. Böyle bir bina 25-30 m genişliğinde olmalı ve santral servis çekirdeği ile ayrılmış iki paralel koridordan oluşmalıdır. Daire şeklinde merkezler de vardır. Çağdaş merkezlerde ağır riskli yenidoğanlar için bakım alam her bebek için 7.2-9 m2 olarak hesaplanmıştır. Bu bölüme daha fazla yer ayrılması personel ilgisi açısından aksaklık oluşturabilir.