Enzimler spesifik olarak hareket ederler, her bir enzim belirli bir reaksiyonu katalize eder. Enzim tarafından etkilenen bileşik «substrat» adını alır. Katalitik olay sırasında enzim ve substratın anahtar ve kilit gibi davrandıkları düşünülür. Enzim ve substrat önce bir kompleks şeklinde birleşirler, daha sonra ayrı­lırlar, bu arada yeni reaksiyon ürünleri ve esas enzim ortaya çıkar.

Bazı enzimler (örneğin pepsin) tamamen protein yapısındadır. Bazı enzimler ise protein yapısında olmayan bir bileşiğin eşliğinde akti vite gösterebilir. Bu durumda protein kısmı koenzim adını alır. Koenzim başka bir substrat gibi düşünülebilir. Transfer edilen materyeli al­dığında değişir veya azalır. Koenzimler küçük organik moleküllerdir ve yapılarında daima fos­fat grubu bulunur. Oksidasyon gibi enerji orta­ya çıkaran reaksiyonların tamamlanması da ko­enzim gerektirir. Niasin, riboflavin  gibi vita­minler ve bazı eser elementler (örneğin demir), hücrede hidrojen iyonu transferinde koenzim olarak rol oynarlar.

Hücresel oksidasyon ve atp yapımı sı­rasında, enzimler ile birlikte pek çok ko­enzim görev alır ve hidrojen ile oksijenin birle­şerek su meydana gelmesini sağlarlar. Oksida tif fosforilizasyon enzimleri adını alan bu en­zimler mitokondrilerin iç yüzüne dizilerek kim­yasal reaksiyonları çabuk bir şekilde gerçekleş­tirirler. Bu nedenle mitokondriye, hücrenin «güç kaynağı» adı verilir.