İlk arındırma işlemi, glomerül adı verilen bir milyon kadar küçük yumak tarafından yapılır. Kan basıncı, sıvıyı, her bir glomerülün içinde bulunan küçük kılcal damar kümeleri vasıtasıyla, uzun bir tübüle (nefron) doğru iter. Nefron, sıvıyı, böbreğin merkezine idrar taşıyan ve toplayıcı tübül adı verilen daha geniş bir tübüle boşaltır. Buradan da, idrar, idrar yolundan geçerek mesaneye ulaşır.

Her bir nefronun duvarını oluşturan hücreler, her tübül boyunca dolaşan kılcal damarlara ulaşmak üzere, tübülden dışarı, mineral, asit ve besin pompalayan proteinler içerir. Mineraller, asit ve besinler, kan dolaşımına yeniden dahil olarak vücudu dolaşırlar. Denge sağlamak için, her birinden yeteri miktar alınıp vücuda geri gönderilir.

Örneğin, vücudunuzda yeterince su bulunmadığında, beyindeki hipotalamus, antidiüretik hormon (ADH) salgılatır. ADH, tübül duvarından daha fazla su sızmasını sağlayarak, suyun tübülden dışarı çıkıp kana geri dönmesini kolaylaştırır.

Böbrekler, renin ve eritropoetin hormonları yaparlar. Renin, böbreklerdeki kan basıncı veya sodyum minerali çok düşük seviyede olduğunda, kan basıncını artırır. Eritropoetin, alyuvar üretimini tetikler.