Atrial Septal Defektler cerrahi olarak kapatılmalıdır. Tedavi edilmezse, kaçınılmaz olarak sağ ventrikül hipertrofisi ve puimoner hipertansiyon gelişir ve şant terse dönebilir.
Uzun dönemde prognozu eğer puimoner hipertansiyon gelişmemişse cerrahi müdahaleyi takiben mükemmeldir. Puimoner hipertansiyon ve şantın tersine dönmesi cerrahi için kontrendikasyon teşkil eder.