Yara ve apselerde etken olarak çok geniş bir mikroorganizma topluluğu söz konusudur; koklar, enterik bakteriler, sporlu ve sporsuz aerob ve anaerob bakteriler, gram pozitif çomakcıklar (no-kardia, aktinomiçet, erizipelotriks vs.), pseudomonas türleri acinetobacter, mikobakteriler, bazı ibriolar, değişik maya ve küf türü mantarlar ve bazı parazitler (leşmania, amipler ve miazis etkenleri). Bunlardan ayrı olarak, bazı sistemik Infeksiyonların seyri esnasında da apse ve yaralar teşekkül edebilir; Y.pestis, salmonella türleri, şarbon, ruam ve tularemide olduğu gibi.

Sirkülasyon bozukluğunun bulunduğu yerlerde oluşan anaerob ortamdan dolayı anaerob bakteriler tabloya hakim olabilirler.

Drene olmamış apselerden enjektörle alman” materyellerde genellikle etiyolojik ajan tespit edilebilir. Fakat açık yaralar, ülserler ve fîstüller, genellikle, bulundukları bölgelere göre ya floradan veya havadan ve eşyalardan gelen mikroorganizmalarla kontamine olurlar. Bundan dolayı bu tür lezyonlardan materyel alınırken, evvela bir temizlik yapılması gerekir. Kuru lezyonlardan materyel almak imkansız ve çok kere de faydasızdır.

Akut yaralarda etkeni izole etmek kolay fakat kronik yaralarda mikroorganizmaların sayılan çok azaldığı için etkeni izole etmek oldukça zordur.

Anaerob etken şüphe edilen kapalı yaralardan materyel almak için en iyi yöntem bir enjektörle materyel alıp, hiç hava karıştırmadan, eğer materyel alınırken enjektöre hava kanştınîmış ise o havayı hemen boşaltarak laboratuara o şekilde intikal ettirmektir. Eküvyonla alınan materyellerden ve flora ihtiva eden yerlerden alınan materyellerden anaerob kültür yapılmamalıdır.

Anaerob kültürler şu hallerde yapılmalıdır; derin yaralar, dokulardaki apseler, gazlı gangren şüphesi olan nekrotik dokulardan, mukozalar, ayağın kapalı infeksiyonlardan, beyin, akciğer, karaciğer ve diğer doku ve organ apselerinden, intraabdominal, perirektal, subfrenik apselerden, normalde bakteri ihtiva etmeyen peritoneal, plöral, sinovial ve eklem sıvılarından.

Fistül ve sinuslardan materyel alınırken, fistül ve sinuslan çok derinlerine kadar kürete etmek ve temizlemek ve mümkün olduğu kadar lezyonun başlangıç noktasına kadar inmek gerekir.

Açık yara ve ülserlerde, materyel mümkün olduğu kadar normal ve hastalıklı dokuların birleştikleri (aktif mikroorganizmaların bulundukları yer) bölgelerden alınmalıdır. Kontamine olan açık yaralardan çok fazla ve değişik türden mikroorganizmalar ürüyorsa, ne bu kültürlerin ve ne de bunlardan yapılan antibiyotik duyarlık testlerinin hiçbir yararı olmadığı gibi, uygulanan antibiyotik tedavisi sonucu dirençli mikroorganizmaların artmasına bağlı süperinfeksiyon ihtimali de çok artar.

Yanık yaraları oldukça problemli lezyonlardır. Her türlü mikroorganizma ile çok kolayca kontamine olurlar. Zira, bu tür yaralar, bol miktarda ölü ve sağlıksız doku ve hücre ihtiva ettiklerinden bakterilerin üreyebilmeleri için çok uygun bir ortam gelişmiştir. Bu tür yanık hastalarını kan kültürleri ile takip etmek ve kandan üreye bakteriye karış tedavi uygulamak en iyi davranış şeklidir.