Gonokokal epididimit’i, C. trachomatis ve coliform bakterilerin neden olduğu epididimit vakalarından klinik olarak ayırmak mümkün değildir. Ancak kültür çalışmaları ile ayrılabilir. Gonokjokal epididimit vakaları ayrıca travma, tümör, testis torsiyonu gibi acil ürolojik vakalardan da ayrılmalıdır.

Erkek hastalarda anal cinsel temas sırasında meydana gelen travma ve üzerine gonokoksik infeksiyonun yerleşmesi ile meydana gelen proctitis tablosu ülseratif kolit, Crohn hastalığı, shigellosis, amebiasis, sifiliz gibi infeksiyon hastalıkları ile karışabilir. Rektosigmoidoskopik inceleme, bu sırada alınan biyopsi ve kültür çalışmaları yardımı ile ayırıcı tanı yapılmalıdır.

Dissemine gonokoksik infeksiyon ise romatoid artrit, akut eklem romatizması, diğer infeksiyöz artritler gibi esas olarak artrit ile seyreden hastalıklarda, meningokokserni, bakteriel endokardit, viral hepatit gibi sistemik infeksiyonlar ya da SLE gibi pekçok organı tutan kollajen doku hastalıkları ile karışabilir. Genç erkek hastalarda konjunktivit, üretrit, artrit ile seyreden Reiter sendromu klinik olarak gonokoksik infeksiyonlarda tipik deri döküntülerinin olması, konjunktivitin nadir olarak görülmesi ile ayrılabilir. Ancak genç erkek hastalarda dissemine gonokok infeksiyonu tanısı konulur iken Reiter sendromu mutlaka göz önünde bulundurulmalı ve ilgili laboratuvar çalışmaları yapılmalıdır.