Ameliyathanelerde bakteri sayısını minimale indirmek için birçok özel ve pahalı teknikler geliştirilmiştir. Ameliyathane odasının tamamının ultraviole ışığına tabi tutulması, özel mimari ve ventilasyon projeleri, laminar akım ventilasyonu gibi yöntemler denenmiştir. Her bir yöntemin taraftarları bulunmakla birlikte, genelde, bu projelerin hiçbirinin cerrahi sağduyu ve disiplinden daha etkili olduğu ispatlanamamıştır.

Cerrahi instruman ve malzemelerin sterilizasyonu için tamamiyle güvenilir rnetodlar basınçlı buhar ile sterilizasyon, kuru ısı ve etilenoksit (Ethyleneoxide) gazdır. Daha önceden hazırlanarak paketlenen ve bir defa kullanılan instruman ve malzemeler imalatçı firma tarafından gamma radyasyonu ile steril edilmektedir. Buhar 120 °C ve 2 atmosfer basınçta bütün vejetatif bakterileri, birçok dirençli sporları 13 dakikada tahrip etmektedir. Fakat cerrahi aletleri içeren bohçalar, ısı ve nemin bohçanın merkezi kısmına da etkili olabilmesi için, 30 dakika süre ile bu tip sterilizasyona tabi tutulmalıdır. Sarılmamış instrumanların sterilizasyonu için, şimdi çok kullanılan yüksek basınç otoklavlarında, daha az süre gerekir. Nemli ısıyı tolere edemiyen cihaz ve aletlerin sterilizasyonu 170 °C deki devamlı kuru ısı ile 1 saatte sağlanır. İnstruman yağ içeriyorsa, bu tür kuru ısı sterilizasyonu 160 °C de 4 saat şeklinde olmalıdır.

Gazeöz etilenoksit bakterileri, virüsleri, mantarları ve çeşitli sporları tahrip eder. Optik kısımları bulunan instrumanlar dahil olmak üzere bütün ısıya hassas aletlerde kullanılır. Bunlar arasında plastik malzemeler, elektrik kordonları ve ampuller sayılabilir. Bununla beraber etilenoksitin bazı plastik ve kimyasal maddelere zarar verebileceği hatırlanmalıdır. Bu teknik ile sterilizasyonda, %12 etilen – oksit ve %88 freon içeren özel basınçlı gaz otoklavı kullanılır. Bu şekilde steril edilen parçaların bir çoğunun üzerindeki gazın temizlenmesi amacı ile steril paketler içinde havalandırılması ve kullanılmadan önce 24 – 48 saat bekletilmesi gerekir. İmplante edilen plastikler kullanılmadan önce 7 gün kadar saklanmalıdır. Etilenoksit toksikdir ve kurallara uygun olarak kullanılmazsa önemli zararlara yol açar.

Diğer sterilizasyon yöntemlerine gelince, %2 lik glutaraldehit (Glutaraldehyde) gibi antiseptik ile yıkama, optik kısımları bulunan instrumanlardan virüsleri temizlemede kullanılabilir. Ancak bu yöntem ile tam bir sterilizasyon 10 saatte sağlanır. Diğer bazı kimyasal antiseptik maddeler ameliyathane yüzeylerini ve tam olarak steril olmasına gerek bulunmayan instrumanların sterilizasyonunda kullanılır. Bunlar sentetik phenolics, polybrominated, salicylanilides, iodophores, alkol, diğer glutaraldehyde preparasyonları ve %6 lık stabilize hidrojen peroksittir. Bu ajanlar, ortamda organik maddelerin bulunması halinde yüksek etkilerini devam ettirirler ve yüzeylerde ekseriya mükemmel bir antibakteriyel aktivitenin kalmasını sağlarlar. Bunlar aynı zamanda sterilize edilemeyen anestezi cihazlarının temizlenmesinde de kullanılırlar.