Akciğerlerdeki hidatik kistlerin cerrahi olarak çıkarılması karaciğerdekilere oranla daha az problem yaratır. Kistin üzerinde akciğer kısmı insize edilir. Anestezist akciğerleri şişirdiğinde kistin tamamı yavaşça çıkarılabilir. Geride kalan boşluk kolayca kapitonaj tekniği ile kapatılır. Gerektiğinde lobektomi çok nadir olarak da pnömonektomi uygulanabilir. Sekonder infeksiyon sonucu abse ortaya çıkmışsa, tedavisi aynı akciğer absesi tedavi prensiplerine göre yapılır.