Enzimler spesifik olarak hareket ederler, her bir enzim belirli bir reaksiyonu katalize eder. Enzim tarafından etkilenen bileşik «substrat» adını alır. Katalitik olay sırasında enzim ve substratın anahtar ve kilit gibi davrandıkları düşünülür. Enzim ve substrat önce bir kompleks şeklinde birleşirler, daha sonra ayrılırlar, bu arada yeni reaksiyon ürünleri ve esas enzim ortaya çıkar.
Bazı enzimler (örneğin pepsin) tamamen protein yapısındadır. Bazı enzimler ise protein yapısında olmayan bir bileşiğin eşliğinde akti vite gösterebilir. Bu durumda protein kısmı koenzim adını alır. Koenzim başka bir substrat gibi düşünülebilir. Transfer edilen materyeli aldığında değişir veya azalır. Koenzimler küçük organik moleküllerdir ve yapılarında daima fosfat grubu bulunur. Oksidasyon gibi enerji ortaya çıkaran reaksiyonların tamamlanması da koenzim gerektirir. Niasin, riboflavin gibi vitaminler ve bazı eser elementler (örneğin demir), hücrede hidrojen iyonu transferinde koenzim olarak rol oynarlar.
Hücresel oksidasyon ve atp yapımı sırasında, enzimler ile birlikte pek çok koenzim görev alır ve hidrojen ile oksijenin birleşerek su meydana gelmesini sağlarlar. Oksida tif fosforilizasyon enzimleri adını alan bu enzimler mitokondrilerin iç yüzüne dizilerek kimyasal reaksiyonları çabuk bir şekilde gerçekleştirirler. Bu nedenle mitokondriye, hücrenin «güç kaynağı» adı verilir.