Fonksiyonel MRG’nin işleyişi, standart MRG gibidir, ancak kan damarlarında bulunan oksijen miktarındaki küçük değişimleri tespit etmek suretiyle, daha ileri düzey bilgi sağlar. Oksijen düzeylerindeki bu değişimler, organın hangi bölgelerinin işlevsel olduğunu gösterir. Örneğin, gözlerinizin işlevsel MRG’si çekilirken, beyninizin, kafanızın arka tarafına doğru bir yerinde bulunan bir bölgesi, “aydınlık” hale gelir.