Endoskopların çoğunda, incelenen bölgeyi aydınlatan bir ışık, görüntüleri geri sağlayan bir görüntüleyici ve görüntüyü büyüten bir lens bulunur. Görüntü bazen, doktorun görebileceği bir yerde bulunan bir monitöre gönderilir.
Bazı endoskoplarda, bir biyopside kullanılmak üzere doku numuneleri toplamak için veya bir ameliyat yapmak için kullanılan aletlere ayrılmış, küçük bölmeler vardır. Örneğin, bir polipi çıkarmak için, endoskopun ucuna küçük makaslar takılabilir.
Endoskoplar, en sık, yemek borusu, mide veya ince bağırsağın en üst kısmı gibi, sindirim yolu üzerinde bulunan organları incelemede kullanılır. Bu yapılan görüntülemek için, endoskop, ağzınızdan içeri doğru sokulur.
Rektumun veya kalın bağırsağın incelenmesi gerekiyorsa, yönteme, proktoskopi veya sigmoidoskopi adı verilir ve endoskop ile anüsten içeri girilir. Kolonoskopi, tanı kolon incelemesinde kullanılır; bu yöntemde, anüsten içeri daha uzun bir endoskop ile girilir. Bu yöntemler biraz rahatsız edici olabilseler de, genellikle acı vermezler.
Endoskoplar, aynı zamanda, sinüsler, akciğerler, karın, leğen bölgesi, mesane ve eklemler gibi, vücudun diğer birçok bölgesini incelemede de kullanılır. Laparoskopi adı verilen bir teknikte doktor, endoskopu doğrudan karın bölgesindeki organları görüntülemek için kullanır.
Deriyi ve altındaki dokuyu uyuşturmak için lokal anestezi uygulandıktan sonra, karın bölgesinde düğme iliği büyüklüğünde bir veya birden fazla yarık açılır. Endoskop, ameliyatı yapmaya yardımcı olması için veya organlara bakabilmek için, karın boşluğundan içeri sokulur.
Laringoskopide, doktor, gırtlağı ve ses tellerini görüntülemek için boğazınızdan içeri ince bir endoskop ile girer. Bronkoskop, akciğerlerdeki geniş hava yollarını görüntülemek için kullanılır. Tümörler veya enfeksiyonlu bölgeler görülebilir ve anormal akciğer dokusunun biyopsileri alınabilir.
Endoskoplar, ameliyatlarda gittikçe daha fazla kullanılmaya başlamıştır. Örneğin, endoskop kullanılarak safra kesesi alınabilir.